Kraton Ratu Boko terletak di Bukit Boko, 19 kilometer ke arah timur dari Kota Yogyakarta (menuju ke arah Wonosari) dan 2 kilometer dari Candi Prambanan ke arah selatan.
Dilihat dari lokasinya yang berupa dataran tinggi, kompleks Ratu Boko memiliki keunikan dan daya tarik tersendiri. Salah satunya adalah pemandangan yang cukup memukau; sejauh mata memandang akan terlihat Candi Prambanan dan Candi Kalasan di arah utara dengan latar belakang pemandangan Gunung Merapi dan suasana pedesaan dengan sawah menghijau di sekelilingnya. Selain itu, di arah selatan, samar-samar dapat terlihat Pantai Selatan.
Riwayat pendirian dan penggunaan bangunan di kompleks Ratu Boko antara lain dapat diketahui dari prasasti yang ditemukan di kompleks ini. Berdasarkan sumber prasasti Walaing yang berangka tahun 792 M, berisi tentang peringatan pendirian Abhayagiriwihara oleh Rakai Panangkaran.
Berdasarkan struktur bangunan dan prasasti yang ditemukan, kompleks Ratu Boko awalnya adalah sebuah wihara untuk pendeta Buddha yang bernama Abhayagiri. Selanjutnya pada tahun 856 M, kompleks tersebut difungsikan sebagai kraton oleh Rakai Walaing Pu Khumbayoni yang beragama Hindu. Oleh karena itu tidak mengherankan bila unsur agama Hindu dan Buddha tampak bercampur di bangunan ini.
Unsur Hindu dapat dilihat melalui yoni, tiga miniatur candi, arca Ganesha dan Durga, serta lempengan emas dan perak bertuliskan mantera agama Hindu. Sedangkan unsur Buddha dapat dilihat dari adanya arca Buddha, reruntuhan stupa, dan stupika.
Kompleks bangunan di Bukit Boko disebut sebagai kraton karena memang disinggung dalam prasasti dan juga karena kemiripannya dengan gambaran sebuah kraton. Dalam kitab kesusasteraan Bharatayudah, Kresnayana, Gatotkacasraya, dan Bhomakawya, disebutkan bahwa kraton merupakan kompleks bangunan yang dikelilingi pagar bergapura.
Di dalamnya terdapat kolam dan sejumlah bangunan lain seperti bangunan pemujaan dan di luar kraton terdapat alun-alun. Adanya sejumlah umpak serta batur-batur dari batu andesit di kompleks ini, mengindikasikan bahwa dahulu bangunan yang berdiri di atasnya terbuat dari bahan kayu.
Berdasarkan letaknya, bangunan di kompleks Ratu Boko dapat dikelompokkan menjadi tiga bagian, yaitu kelompok barat, tenggara, dan timur. Bangunan tersebut terletak pada teras-teras yang dibuat pada punggung hingga puncak bukit, dengan halaman paling depan terletak di sebelah barat, terdiri atas tiga teras.
Masing-masing teras dipisahkan oleh pagar batu andesit setinggi 3,50 meter, dan tebing teras diperkuat dengan susunan batu andesit. Batas halaman sebelah selatan juga berupa pagar dari batu andesit, namun batas utara merupakan dinding bukit yang dipahat langsung.
Bagian tenggara meliputi struktur lantai, gapura, batur pendopo, batur pringgitan, miniatur candi, tembok keliling, dua kompleks kolam, dan reruntuhan stupa. Kedua kompleks kolam dibatasi pagar dan memiliki gapura sebagai jalan masuk. Di dasar kolam, dipahatkan lingga yoni, langsung pada batuan induk (bedrock). Bangunan kelompok timur meliputi satu buah kolam dan dua buah gua yang disebut Gua Lanang dan Gua Wadon.